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酶在植物提取中的作用是使植物材料降解形成更疏散的结构，有时甚至完全溶解植物材料以使植物的有效成分较大限度地溶出，达到较高的提取收率。另外酶还可催化有效成分转化成活性更强的形式，其中，生物转化的一种重要类型是糖基水解，它可通过酶催化或酸法水解的方式达到。去糖基后会导致有效成分水溶性变差，如果水解程度可有效控制，则采取相应的处理工艺可进行有效的提取。
植物的各部分都可被用于有效成分提取，而在植物不同部位，如根、茎、种子等之间的化学成分有很大差别。在果汁和饮料工业中已有许多种工业酶制剂被用于从植物内部释放更多产物。因此，在这项应用中必须先根据原材料的特性在实验室中通过实验的方法确定的酶。
